17 kmMuseumsbunkerne ligger nede ved Skanderborg Sø i Dyrehaven, der to tidligere kommandobunkere er innredet som museum. Her er det ikke bare plansjer og montre som bærer fortellingen; rommene gjør selv en del av jobben. De lave, kalde rommene og de tykke veggene gir en fysisk fornemmelse av anlegget som Luftwaffe brukte som dansk hovedkvarter under okkupasjonen.
Utstillingene er delt inn i en dansk og en tysk del. Den danske delen går tett på Skanderborg og Danmark under okkupasjonen, med fortellinger om politi, motstandsbevegelse, samarbeidet med de allierte, hverdagsliv og rettsoppgjør. Den tyske delen handler om aktivitetene i området, bunkerbyggingen, generalene, staben og oppgavene som ble løst fra hovedkvarteret.
Blant gjenstandene er nedkastingscontainere til motstandsbevegelsen, rester fra allierte fly og hverdagsting fra okkupasjonstiden. I bunkerne står det også en sjelden Enigma-kodemaskin, som gir et konkret innblikk i krigens skjulte kommunikasjon.
Et lydkulisse med blant annet radioutstyr, tyske soldater og en alarmsituasjon gjør rommene mer levende uten å forskjønne historien. Den siste delen av utstillingen handler om de tyske flyktningene i Flygtningelejren Sølund etter krigen. Utenfor skifter scenen brått: stiene, Dyrehaven og innsjøen ligger bare noen få skritt fra de tunge betongkroppene.
I Museumsbunkerne står et eksemplar av den tyske Enigma-kodemaskinen, vist i de tidligere kommandobunkerne i Skanderborg Dyrehave. Den lille maskinen hører til gjenstandene som bringer krigens usynlige arbeid helt nær.
Enigma ble brukt av tyske militære styrker til å kryptere og dekryptere taktiske meldinger. Hvert tastetrykk ble omsatt gjennom roterende hjul og elektriske forbindelser, slik at bokstavene skjulte seg bak mekanikk, innstillinger og disiplinert hemmeligholdelse.